feat(capter13): working on molecular dynamics model

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@@ -16,6 +16,7 @@ CUDA gpu 编程学习，基于 《CUDA 编程——基础与实践》（樊哲
 10. [线程束基本函数与协作组](./capter10/ReadMe.md)
 11. [CUDA 流](./capter11/ReadMe.md)
 12. [使用同一内存编程]()
+13. [分子动力学模型](./capter13/ReadMe.md)
 14. [CUDA 标准库](./capter14/ReadMe.md)
 
 

capter13/ReadMe.md

@@ -0,0 +1,25 @@
+# 分子动力学模型
+
+1. 将静态函数放在头文件中，则该函数就有可能被编译为内联函数，从而提高效率。
+适用于于需要被多个编译单元反复调用的函数。  
+开发cuda程序时，也应该尽量优化对应的c++程序。
+
+2. 半步长推进。
+粒子在t+dt时刻的坐标仅依赖t时刻的坐标、速度和力；但是t+dt时刻的速度依赖  
+t时刻的坐标、速度和t+dt时刻的力。  
+所以首先，以t时刻的状态计算t+dt/2时刻的速度；然后计算t+dt时刻的坐标，同时  
+更新t时刻的力到t+dt时刻；最后，以t+dt/2时刻的速度和t+dt时刻的力计算t+dt   
+时刻的速度。
+
+3. 常量内存比全局内存高速。
+如果数据量在编译期就确定且不大（明显小于4KB），在核函数中仅被读取，而且  
+一个线程束中的所有线程在某个时刻访问同一个地址，  
+则该数据适合用传参的方式使用常量内存。
+
+4. 逐步分析程序的性能瓶颈，逐步优化。
+将一个c++程序用cuda加速时，一般首先确定其中最耗时的部分并将其用cuda加速，从而  
+快速提高程序性能。  
+要得到最好的加速效果，需要尽可能多的将程序中可并行的计算用cuda加速。当然，  
+在大数情况下，我们需要在付出和收获间找到一个平衡点。
+
+